1991 – наш час

Сучасний період

Після проголошення незалежності України та створення Української Православної Церкви Київського Патріархату 12 серпня 1992 року згідно з розпорядженням Волинської облдержадміністрації від 11 серпня 1992 року Луцький Свято-Троїцький кафедральний собор, приміщення єпархії та семінарії були передані віруючим Київського Патріархату. Вже 5 жовтня 1992 року відбулось спільне засідання єпархіальної і педагогічної ради, заслухано пропозицію Педагогічної Ради і керуючого справами Луцько-Волинської єпархії УПЦ КП про реєстрацію статуту відроджуваної Волинської духовної семінарії, також постановили, що учні, які відійшли від семінарії, заснованої Варфоломієм і хочуть продовжити своє навчання, та абітурієнтів, які подали заяви після проведення вступних учнями відродженої давньої Волинської духовної семінарії. На спільному засіданні було також обговорено і прийнято статут Волинської духовної семінарії, подано пропозицію про реєстрацію його у відповідних державних органах.
Статут семінарії зареєстровано в місцевих органах Волинської обласної державної влади 13 жовтня 1992 року. У статуті зазначалось, що відроджена Волинська духовна семінарія має виховувати кандидатів для священичих свячень. Кошти для життєдіяльності семінарії мали одержуватись з добровільних грошових внесків єпархіального управління, пожертв окремих громадських, інших організацій, окремих парафіян і церковних громад.
Відроджена давня Волинська духовна семінарія мала злиденну матеріальну базу. Приміщеннями для навчання і мешкання стали будівлі, в яких у 1946—1964 рр. розміщалась її попередниця. Старі будівлі вимагали невідкладного капітального ремонту. Долаючи фінансові труднощі, було проведено капітальний ремонт, силами самих вихованців і їх батьків. Відремонтовано навчальний корпус, актовий зал, бібліотеку, їдальню, житлові приміщення для учнів та викладачів.
В ніч на 1 квітня 2005 року сталася пожежа в приміщеннях духовної школи, якою було зруйновано третину її приміщень. Це поклало початок будівництва сучасного навчального, адміністративного та житлового корпусу.  
На засіданні священного синоду Української Православної Церкви Київського Патріархату 13 травня 2011 року під головуванням Святішого патріарха Київського і всієї Руси-України Філарета Волинську духовну семінарію було реорганізовано у Волинську православну богословську академію (ВПБА).
Сьогодні ВПБА – це вищий навчальний заклад, який має ліцензію МОН України, готує священнослужителів, регентів церковних хорів, працівників єпархіальних управлінь і місій для Православної Церкви України.
Ректором академії є митрофорний протоієрей Володимир Вакін.
Духовним батьком, молитвеником, ктитором та жертводавцем навчального закладу є Високопреосвященніший Михаїл (Зінкевич), митрополит Луцький і Волинський.